調査官から「会計データをＵＳＢで下さい」と言われたら皆さんはどうされますか。
会社の大事な日々の記録を数年分まとめて電子データで外部に持ち出される訳ですから気持ちの良いもではありません。「調査官の都合の良いように加工されたらどうしよう」「仕訳一つ一つ細かくチェックされ、重箱の隅を突くような細かな指摘がされたらどうしよう」「データが流出したらどうしよう」など・・・。心配事は尽きません。あっさり拒否した方が余計な心配をせずに済みます。
国税庁のＦＡＱで以下のように説明されています。

国税庁は電子データでもディスプレイでの画面確認、プリントアウトで原則足りるとしています。ましてや紙ベースで保管されている仕訳帳や総勘定元帳などの会計帳簿を税務調査時にちゃんと提示しているのであれば「電磁的記録そのものを提出いただく必要がある場合」に該当する訳がないのです。
それでも協力しないと心証を悪くして不利な取り扱いを受けるのではないかと心配する方も多くいらっしゃいます。もし、それで本当に不利な取り扱いを受けたと思われる場合には、担当調査官の上席者や税務署長にその旨を申し立てれば良いかと思います。